Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.36e-8■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.116e-8■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 NOMO1-202ENST00000565655 666 ntTSL 314.46□□□□□ -0.096e-8■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 NOMO1-204ENST00000566823 1898 ntTSL 214.19□□□□□ -0.146e-8■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.882e-17■■■■■ 49.7
UPF1Q92900 C2orf72-202ENST00000463834 3141 ntTSL 1 (best)13.58□□□□□ -0.246e-13■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-210ENST00000494720 1134 ntTSL 233.38■■■□□ 2.936e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.526e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.496e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.46e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-209ENST00000489767 1833 ntTSL 517.28■□□□□ 0.366e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 AAMP-208ENST00000475678 2270 ntTSL 215.54■□□□□ 0.086e-46■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.111e-14■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 CRLF1-203ENST00000594325 1020 ntTSL 332.03■■■□□ 2.724e-11■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.524e-11■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 CRLF1-204ENST00000596360 413 ntTSL 222.04■■□□□ 1.124e-11■■■■■ 49.6
UPF1Q92900 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.232e-12■■■■■ 49.5
UPF1Q92900 TXN2-204ENST00000416967 1280 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.392e-8■■■■■ 49.5
UPF1Q92900 TXN2-201ENST00000216185 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.132e-8■■■■■ 49.5
UPF1Q92900 PHF19-213ENST00000487555 1092 ntTSL 1 (best)21.95■■□□□ 1.11e-24■■■■■ 49.4
UPF1Q92900 B3GNT3-203ENST00000599265 856 ntTSL 327.19■■□□□ 1.943e-11■■■■■ 49.3
UPF1Q92900 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.693e-11■■■■■ 49.3
UPF1Q92900 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.641e-7■■■■■ 49.3
UPF1Q92900 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.231e-7■■■■■ 49.3
UPF1Q92900 SCAMP4-207ENST00000472442 2973 ntTSL 214.36□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 49.3
UPF1Q92900 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.341e-11■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 EXOC7-211ENST00000465252 3336 ntTSL 213.93□□□□□ -0.182e-10■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 EXOC7-216ENST00000589210 4751 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.472e-10■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 EXOC7-201ENST00000332065 4596 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.37□□□□□ -0.592e-10■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.696e-15■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.985e-14■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.835e-14■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.655e-14■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.455e-14■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 PGAP3-202ENST00000309862 3028 ntTSL 214.78□□□□□ -0.045e-14■■■■■ 49.2
UPF1Q92900 KDM3B-209ENST00000542866 3634 ntTSL 2 BASIC5.9□□□□□ -1.471e-11■■■■■ 49.1
UPF1Q92900 VCP-207ENST00000493886 2942 ntTSL 214.85□□□□□ -0.037e-23■■■■■ 49.1
UPF1Q92900 LZTR1-204ENST00000415817 2323 ntTSL 319.83■□□□□ 0.762e-7■■■■■ 49
UPF1Q92900 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 49
UPF1Q92900 LZTR1-209ENST00000463909 3505 ntTSL 1 (best)12.58□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 49
UPF1Q92900 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.091e-7■■■■■ 49
UPF1Q92900 FKBP9-207ENST00000471066 591 ntTSL 415.47■□□□□ 0.071e-11■■■■■ 49
UPF1Q92900 CHMP1A-204ENST00000547687 2007 ntTSL 1 (best)21.96■■□□□ 1.112e-9■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.182e-9■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.152e-9■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC30.21■■■□□ 2.432e-15■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.933e-30■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.694e-10■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.453e-12■■■■■ 48.9
UPF1Q92900 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.094e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-213ENST00000582715 279 ntTSL 523.11■■□□□ 1.294e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.194e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.194e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.034e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.034e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.084e-15■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 ADD1-223ENST00000538860 507 ntTSL 320.38■□□□□ 0.859e-12■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 LRPAP1-202ENST00000500728 7819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.453e-8■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.122e-7■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.382e-7■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 CDIPT-205ENST00000563893 2253 ntTSL 523.39■■□□□ 1.332e-7■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.932e-7■■■■■ 48.6
UPF1Q92900 SLC25A30-207ENST00000539591 3608 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.36e-16■■■■■ 48.5
UPF1Q92900 SLC25A30-204ENST00000519676 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.04□□□□□ -0.86e-16■■■■■ 48.5
UPF1Q92900 SLC25A30-206ENST00000523988 6041 ntTSL 27.34□□□□□ -1.236e-16■■■■■ 48.5
UPF1Q92900 DNAJB2-209ENST00000470530 728 ntTSL 324.64■■□□□ 1.541e-16■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.173e-15■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.362e-12■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.342e-12■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 DLG4-208ENST00000489885 1894 ntTSL 1 (best)15.72■□□□□ 0.112e-12■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 DLG4-203ENST00000399510 3975 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.332e-12■■■■■ 48.4
UPF1Q92900 CHD2-205ENST00000625662 5127 ntTSL 512.69□□□□□ -0.381e-10■■■■■ 48.3
UPF1Q92900 CHD2-201ENST00000394196 9363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.18□□□□□ -0.941e-10■■■■■ 48.3
UPF1Q92900 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.651e-10■■■■■ 48.3
UPF1Q92900 LBH-201ENST00000395323 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.071e-10■■■■■ 48.3
UPF1Q92900 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.039e-14■■■■■ 48.3
UPF1Q92900 HDGF-204ENST00000465180 2060 ntTSL 1 (best)19.03■□□□□ 0.647e-24■■■■■ 48.2
UPF1Q92900 DGCR2-203ENST00000467659 2459 ntTSL 517.35■□□□□ 0.372e-11■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.337e-7■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 RNF169-202ENST00000527301 340 ntTSL 316.04■□□□□ 0.167e-7■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 AKT2-203ENST00000391844 1795 ntTSL 1 (best)31.81■■■□□ 2.682e-34■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 AKT2-225ENST00000496089 982 ntTSL 525.15■■□□□ 1.622e-34■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 AKT2-222ENST00000489375 734 ntTSL 517.41■□□□□ 0.382e-34■■■■■ 48.1
UPF1Q92900 UBOX5-202ENST00000348031 4469 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.349e-10■■■■■ 48
UPF1Q92900 UBOX5-201ENST00000217173 4631 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.559e-10■■■■■ 48
UPF1Q92900 XPO7-201ENST00000252512 4861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.144e-14■■■■■ 48
UPF1Q92900 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.922e-22■■■■■ 47.9
UPF1Q92900 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.772e-22■■■■■ 47.9
UPF1Q92900 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.572e-22■■■■■ 47.9
UPF1Q92900 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.565e-18■■■■■ 47.9
UPF1Q92900 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.154e-17■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.394e-17■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.294e-17■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-229ENST00000590576 583 ntTSL 328.92■■■□□ 2.222e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-219ENST00000588575 559 ntTSL 428.86■■■□□ 2.212e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-222ENST00000589070 582 ntTSL 326.73■■□□□ 1.872e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-231ENST00000590595 569 ntTSL 323.35■■□□□ 1.332e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-217ENST00000587237 548 ntTSL 520.92■□□□□ 0.942e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 SEPT9-240ENST00000591833 576 ntTSL 420.91■□□□□ 0.942e-10■■■■■ 47.8
UPF1Q92900 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.474e-35■■■■■ 47.7
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