Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC54Q8NEL0 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC54Q8NEL0 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC54Q8NEL0 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC54Q8NEL0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.7 ms