Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SKA3Q8IX90 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SKA3Q8IX90 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SKA3Q8IX90 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SKA3Q8IX90 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms