Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP49Q70CQ1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP49Q70CQ1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
USP49Q70CQ1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP49Q70CQ1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
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