Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
USP41Q3LFD5 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
USP41Q3LFD5 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP41Q3LFD5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP41Q3LFD5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms