Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA4Q00056 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms