Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RFX3P48380 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RFX3P48380 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RFX3P48380 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RFX3P48380 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RFX3P48380 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RFX3P48380 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RFX3P48380 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RFX3P48380 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RFX3P48380 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RFX3P48380 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RFX3P48380 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RFX3P48380 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RFX3P48380 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RFX3P48380 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RFX3P48380 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RFX3P48380 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RFX3P48380 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RFX3P48380 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RFX3P48380 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RFX3P48380 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RFX3P48380 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RFX3P48380 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RFX3P48380 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RFX3P48380 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RFX3P48380 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RFX3P48380 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
RFX3P48380 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RFX3P48380 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
RFX3P48380 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
RFX3P48380 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
RFX3P48380 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
RFX3P48380 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
RFX3P48380 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
RFX3P48380 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
RFX3P48380 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
RFX3P48380 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RFX3P48380 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
RFX3P48380 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
RFX3P48380 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
RFX3P48380 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
RFX3P48380 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
RFX3P48380 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RFX3P48380 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RFX3P48380 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RFX3P48380 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
RFX3P48380 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RFX3P48380 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
RFX3P48380 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RFX3P48380 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
RFX3P48380 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
RFX3P48380 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RFX3P48380 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RFX3P48380 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RFX3P48380 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms