Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHMT2P34897 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHMT2P34897 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHMT2P34897 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHMT2P34897 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms