Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSH3P20585 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH3P20585 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH3P20585 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH3P20585 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH3P20585 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH3P20585 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH3P20585 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH3P20585 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH3P20585 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH3P20585 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH3P20585 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH3P20585 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH3P20585 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH3P20585 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH3P20585 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH3P20585 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH3P20585 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
MSH3P20585 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH3P20585 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH3P20585 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH3P20585 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH3P20585 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH3P20585 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH3P20585 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH3P20585 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH3P20585 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH3P20585 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH3P20585 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH3P20585 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH3P20585 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH3P20585 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH3P20585 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH3P20585 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH3P20585 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
MSH3P20585 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH3P20585 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH3P20585 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH3P20585 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH3P20585 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH3P20585 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms