Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms