Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms