Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms