Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS53Q5VIR6 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms