Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms