Protein–RNA interactions for Protein: A6NKD9

CCDC85C, Coiled-coil domain-containing protein 85C, humanhuman

Predictions only

Length 419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC85CA6NKD9 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC85CA6NKD9 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms