Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMCH1Q9UPQ0 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms