Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CHMP4AQ9BY43 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms