Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS39Q96JC1 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms