Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms