Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP54Q70EL1 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms