Protein–RNA interactions for Protein: Q13084

MRPL28, 39S ribosomal protein L28, mitochondrial, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 256 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MRPL28Q13084 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MRPL28Q13084 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms