Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
MSX1P28360 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.7 ms