Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMCH1Q9UPQ0 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms