Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms