Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms