Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN9AQ15858 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN9AQ15858 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
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