Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 AC079416.2-201ENST00000625035 1193 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMD1Q9UGP4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMD1Q9UGP4 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms