Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SHANK3Q9BYB0 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms