Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms