Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
USP3Q9Y6I4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP3Q9Y6I4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP3Q9Y6I4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms