Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
ERCC4Q92889 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
ERCC4Q92889 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
ERCC4Q92889 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ERCC4Q92889 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms