Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SF3A1Q15459 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SF3A1Q15459 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
SF3A1Q15459 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SF3A1Q15459 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
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