Protein–RNA interactions for Protein: Q13547

HDAC1, Histone deacetylase 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 482 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC1Q13547 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
HDAC1Q13547 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC31.42■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC31.41■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
HDAC1Q13547 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC31.35■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.61
HDAC1Q13547 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC31.3■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
HDAC1Q13547 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
HDAC1Q13547 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms