Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
COL7A1Q02388 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL7A1Q02388 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL7A1Q02388 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms