Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HDAC4P56524 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HDAC4P56524 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HDAC4P56524 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HDAC4P56524 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms