Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC34.01■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.04
COL18A1P39060 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
COL18A1P39060 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL18A1P39060 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
COL18A1P39060 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC33.82■■■■□ 3
COL18A1P39060 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC33.81■■■■□ 3
COL18A1P39060 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
COL18A1P39060 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
COL18A1P39060 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
COL18A1P39060 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC33.8■■■■□ 3
COL18A1P39060 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
COL18A1P39060 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
COL18A1P39060 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
COL18A1P39060 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL18A1P39060 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL18A1P39060 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
COL18A1P39060 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC33.78■■■■□ 3
COL18A1P39060 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC33.78■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms