Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
LIG1P18858 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
LIG1P18858 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIG1P18858 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIG1P18858 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIG1P18858 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIG1P18858 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
LIG1P18858 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG1P18858 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG1P18858 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG1P18858 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG1P18858 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG1P18858 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG1P18858 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG1P18858 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG1P18858 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG1P18858 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG1P18858 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG1P18858 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG1P18858 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIG1P18858 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIG1P18858 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIG1P18858 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG1P18858 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG1P18858 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG1P18858 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG1P18858 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG1P18858 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG1P18858 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG1P18858 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG1P18858 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG1P18858 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG1P18858 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIG1P18858 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIG1P18858 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIG1P18858 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG1P18858 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG1P18858 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG1P18858 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG1P18858 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG1P18858 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG1P18858 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG1P18858 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG1P18858 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG1P18858 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG1P18858 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG1P18858 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG1P18858 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG1P18858 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG1P18858 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG1P18858 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG1P18858 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG1P18858 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG1P18858 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG1P18858 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG1P18858 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG1P18858 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG1P18858 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG1P18858 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG1P18858 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG1P18858 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG1P18858 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG1P18858 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIG1P18858 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIG1P18858 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIG1P18858 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
LIG1P18858 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
LIG1P18858 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
LIG1P18858 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG1P18858 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG1P18858 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG1P18858 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIG1P18858 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIG1P18858 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIG1P18858 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIG1P18858 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIG1P18858 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG1P18858 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms