Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.53■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
VAMP4O75379 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.45■■■□□ 2.79
VAMP4O75379 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.4■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
VAMP4O75379 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC32.34■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
VAMP4O75379 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC32.28■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
VAMP4O75379 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
VAMP4O75379 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
VAMP4O75379 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.5 ms