Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LDB3O75112 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LDB3O75112 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LDB3O75112 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LDB3O75112 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LDB3O75112 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LDB3O75112 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LDB3O75112 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LDB3O75112 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LDB3O75112 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
LDB3O75112 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LDB3O75112 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LDB3O75112 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
LDB3O75112 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LDB3O75112 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LDB3O75112 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LDB3O75112 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LDB3O75112 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LDB3O75112 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LDB3O75112 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LDB3O75112 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LDB3O75112 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LDB3O75112 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LDB3O75112 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LDB3O75112 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LDB3O75112 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LDB3O75112 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LDB3O75112 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
LDB3O75112 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDB3O75112 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDB3O75112 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LDB3O75112 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDB3O75112 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDB3O75112 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDB3O75112 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LDB3O75112 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LDB3O75112 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LDB3O75112 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDB3O75112 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LDB3O75112 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LDB3O75112 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDB3O75112 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDB3O75112 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LDB3O75112 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDB3O75112 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDB3O75112 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDB3O75112 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDB3O75112 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LDB3O75112 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LDB3O75112 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LDB3O75112 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDB3O75112 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LDB3O75112 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDB3O75112 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDB3O75112 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LDB3O75112 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDB3O75112 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LDB3O75112 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LDB3O75112 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDB3O75112 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LDB3O75112 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDB3O75112 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDB3O75112 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDB3O75112 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDB3O75112 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LDB3O75112 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDB3O75112 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDB3O75112 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LDB3O75112 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LDB3O75112 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms