RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000465425.1

SYNE4-204, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope family member 4, humanhuman

TSL 2

Gene SYNE4, Length 2,339 nt, Biotype retained intron.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4-204ENST00000465425 NISCHQ9Y2I1 1504 aa38.18■■■■□ 3.7
SYNE4-204ENST00000465425 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa32.55■■■□□ 2.8
SYNE4-204ENST00000465425 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.41■■■□□ 2.78
SYNE4-204ENST00000465425 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP32.29■■■□□ 2.76
SYNE4-204ENST00000465425 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP31.79■■■□□ 2.68
SYNE4-204ENST00000465425 DCAF8L2P0C7V8 631 aa31.65■■■□□ 2.66
SYNE4-204ENST00000465425 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa31.39■■■□□ 2.62
SYNE4-204ENST00000465425 CHIC1Q5VXU3 224 aa30.87■■■□□ 2.53
SYNE4-204ENST00000465425 MYO15BQ96JP2 1530 aa30.65■■■□□ 2.5
SYNE4-204ENST00000465425 ABCC9O60706 1549 aa30.46■■■□□ 2.47
SYNE4-204ENST00000465425 SCRIBQ14160 1630 aa30.42■■■□□ 2.46
SYNE4-204ENST00000465425 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP30.16■■■□□ 2.42
SYNE4-204ENST00000465425 NACADO15069 1562 aa30.12■■■□□ 2.41
SYNE4-204ENST00000465425 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa29.9■■■□□ 2.38
SYNE4-204ENST00000465425 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa29.86■■■□□ 2.37
SYNE4-204ENST00000465425 PCGF6Q9BYE7 350 aa29.84■■■□□ 2.37
SYNE4-204ENST00000465425 HRCP23327 699 aa29.8■■■□□ 2.36
SYNE4-204ENST00000465425 CECR2Q9BXF3 1484 aa29.72■■■□□ 2.35
SYNE4-204ENST00000465425 TRIM41Q8WV44 630 aa29.68■■■□□ 2.34
SYNE4-204ENST00000465425 MROH2BQ7Z745 1585 aa29.63■■■□□ 2.33
SYNE4-204ENST00000465425 WIZO95785 1651 aa29.47■■■□□ 2.31
SYNE4-204ENST00000465425 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP29.38■■■□□ 2.29
SYNE4-204ENST00000465425 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP29.36■■■□□ 2.29
SYNE4-204ENST00000465425 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP29.36■■■□□ 2.29
SYNE4-204ENST00000465425 SMARCA4P51532 1647 aa29.1■■■□□ 2.25
SYNE4-204ENST00000465425 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP29.09■■■□□ 2.25
SYNE4-204ENST00000465425 UNC13AQ9UPW8 1703 aa29.09■■■□□ 2.25
SYNE4-204ENST00000465425 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP29.07■■■□□ 2.24
SYNE4-204ENST00000465425 EHMT2Q96KQ7 1210 aa29.06■■■□□ 2.24
SYNE4-204ENST00000465425 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP29.03■■■□□ 2.24
SYNE4-204ENST00000465425 CCDC88BA6NC98 1476 aa28.91■■■□□ 2.22
SYNE4-204ENST00000465425 SMARCA2P51531 1590 aa28.87■■■□□ 2.21
SYNE4-204ENST00000465425 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP28.78■■■□□ 2.2
SYNE4-204ENST00000465425 ABCC8Q09428 1581 aa28.78■■■□□ 2.2
SYNE4-204ENST00000465425 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP28.76■■■□□ 2.19
SYNE4-204ENST00000465425 BICRAQ9NZM4 1560 aa28.74■■■□□ 2.19
SYNE4-204ENST00000465425 PEG3Q9GZU2 1588 aa28.56■■■□□ 2.16
SYNE4-204ENST00000465425 SOGA1O94964 1423 aa28.5■■■□□ 2.15
SYNE4-204ENST00000465425 EEA1Q15075 1411 aa28.48■■■□□ 2.15
SYNE4-204ENST00000465425 CSRNP3Q8WYN3 585 aa28.4■■■□□ 2.14
SYNE4-204ENST00000465425 CEP162Q5TB80 1403 aa28.39■■■□□ 2.14
SYNE4-204ENST00000465425 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP28.38■■■□□ 2.13
SYNE4-204ENST00000465425 TNIKQ9UKE5 1360 aa28.37■■■□□ 2.13
SYNE4-204ENST00000465425 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa28.36■■■□□ 2.13
SYNE4-204ENST00000465425 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP28.32■■■□□ 2.12
SYNE4-204ENST00000465425 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa28.32■■■□□ 2.12
SYNE4-204ENST00000465425 UBTFP17480 764 aaKnown RBP28.3■■■□□ 2.12
SYNE4-204ENST00000465425 GOLGA3Q08378 1498 aa28.24■■■□□ 2.11
SYNE4-204ENST00000465425 SYNJ1O43426 1573 aa28.19■■■□□ 2.1
SYNE4-204ENST00000465425 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP28.13■■■□□ 2.09
SYNE4-204ENST00000465425 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP28.13■■■□□ 2.09
SYNE4-204ENST00000465425 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP28.13■■■□□ 2.09
SYNE4-204ENST00000465425 CEP164Q9UPV0 1460 aa28.1■■■□□ 2.09
SYNE4-204ENST00000465425 KIF21BO75037 1637 aa28.03■■■□□ 2.08
SYNE4-204ENST00000465425 TOP2BQ02880 1626 aa27.9■■■□□ 2.06
SYNE4-204ENST00000465425 CLIP1P30622 1438 aa27.89■■■□□ 2.06
SYNE4-204ENST00000465425 HMGXB3Q12766 1538 aa27.86■■■□□ 2.05
SYNE4-204ENST00000465425 NCAPD3P42695 1498 aa27.85■■■□□ 2.05
SYNE4-204ENST00000465425 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa27.83■■■□□ 2.05
SYNE4-204ENST00000465425 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa27.79■■■□□ 2.04
SYNE4-204ENST00000465425 VPS8Q8N3P4 1428 aa27.77■■■□□ 2.04
SYNE4-204ENST00000465425 APLP2Q06481 763 aa27.72■■■□□ 2.03
SYNE4-204ENST00000465425 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP27.67■■■□□ 2.02
SYNE4-204ENST00000465425 ERICH3Q5RHP9 1530 aa27.62■■■□□ 2.01
SYNE4-204ENST00000465425 CFTRP13569 1480 aa27.61■■■□□ 2.01
SYNE4-204ENST00000465425 CUX1P39880 1505 aa27.61■■■□□ 2.01
SYNE4-204ENST00000465425 PRXQ9BXM0 1461 aa27.59■■■□□ 2.01
SYNE4-204ENST00000465425 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP27.56■■■□□ 2
SYNE4-204ENST00000465425 KIF27Q86VH2 1401 aa27.54■■■□□ 2
SYNE4-204ENST00000465425 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP27.51■■□□□ 1.99
SYNE4-204ENST00000465425 ARAP1Q96P48 1450 aa27.41■■□□□ 1.98
SYNE4-204ENST00000465425 PRDM2Q13029 1718 aa27.37■■□□□ 1.97
SYNE4-204ENST00000465425 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP27.34■■□□□ 1.97
SYNE4-204ENST00000465425 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
SYNE4-204ENST00000465425 CADPSQ9ULU8 1353 aa27.32■■□□□ 1.96
SYNE4-204ENST00000465425 CUX2O14529 1486 aa27.25■■□□□ 1.95
SYNE4-204ENST00000465425 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP27.22■■□□□ 1.95
SYNE4-204ENST00000465425 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa27.2■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP27.2■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 IGF1RP08069 1367 aa27.18■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP27.17■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 FGD5Q6ZNL6 1462 aa27.15■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa27.15■■□□□ 1.94
SYNE4-204ENST00000465425 NEUROD1Q13562 356 aa27.12■■□□□ 1.93
SYNE4-204ENST00000465425 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa27.1■■□□□ 1.93
SYNE4-204ENST00000465425 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP27.1■■□□□ 1.93
SYNE4-204ENST00000465425 CLSPNQ9HAW4 1339 aa27.09■■□□□ 1.93
SYNE4-204ENST00000465425 FANCD2Q9BXW9 1451 aa27.05■■□□□ 1.92
SYNE4-204ENST00000465425 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP27.02■■□□□ 1.92
SYNE4-204ENST00000465425 CCNB3Q8WWL7 1395 aa27.01■■□□□ 1.91
SYNE4-204ENST00000465425 MAP3K1Q13233 1512 aa26.92■■□□□ 1.9
SYNE4-204ENST00000465425 DNMBPQ6XZF7 1577 aa26.92■■□□□ 1.9
SYNE4-204ENST00000465425 TIAM1Q13009 1591 aa26.91■■□□□ 1.9
SYNE4-204ENST00000465425 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.88■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 ITGAEP38570 1179 aa26.87■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 MIER1Q8N108 512 aa26.87■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa26.86■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.85■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 TOPBP1Q92547 1522 aa26.85■■□□□ 1.89
SYNE4-204ENST00000465425 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa26.85■■□□□ 1.89
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