RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	VPS35	P34110	944 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PTH2	P34222	208 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	PEX5	P35056	612 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HEL1	P36113	551 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	VID28	P40547	921 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MAD1	P40957	749 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ALD4	P46367	519 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	YGL082W	P53155	381 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SSQ1	Q05931	657 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	AVO1	Q08236	1176 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	RKM4	Q12504	494 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SMC6	Q12749	1114 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CMP2	P14747	604 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CPS1	P27614	576 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	LHS1	P36016	881 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HSM3	P38348	480 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	BDH2	P39713	417 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	MAM1	P40065	302 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CTK3	P46963	296 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	LSC1	P53598	329 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	HST1	P53685	503 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	VPS20	Q04272	221 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	FUS2	Q05670	677 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CLP1	Q08685	445 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	CEX1	Q12453	761 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	DRS2	P39524	1355 aa		4.9	□□□□□ -1.62
PRP28	YDR243C	SUI3	P09064	285 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MNR2	P35724	969 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MRPL10	P36520	322 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GGA2	P38817	585 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	EMW1	P42842	904 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HGH1	P48362	394 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YGL081W	P53156	320 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NOP15	P53927	220 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NAB6	Q03735	1134 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.9	□□□□□ -1.63	not detected
PRP28	YDR243C	YML108W	Q03759	105 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	JIP5	Q06214	492 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SPN1	Q06505	410 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ARR2	Q06597	130 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RAV1	P47104	1357 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YML133C	Q03099	1374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YLL067C	Q07888	1374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YLL066C	Q99208	1374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PDR5	P33302	1511 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SSK22	P25390	1331 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SUP45	P12385	437 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PUF4	P25339	888 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.89	□□□□□ -1.63	not detected
PRP28	YDR243C	SWC3	P31376	625 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	GUT2	P32191	649 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NUP120	P35729	1037 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CIC1	P38779	376 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SYG1	P40528	902 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YJL007C	P47080	104 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ENP2	P48234	707 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ELA1	P53861	379 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	VAM6	Q07468	1049 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	FRA1	Q07825	749 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	TY4A-H	Q6Q5P6	413 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	DLD1	P32891	587 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RGD1	P38339	666 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RSM25	P40496	264 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	LSG1	P53145	640 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CAF120	P53836	1060 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	APP1	P53933	587 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PNG1	Q02890	363 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MMR1	Q06324	491 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SLK19	Q08581	821 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YIG1	Q08956	461 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	KRS1	P15180	591 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SUI2	P20459	304 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PAP1	P29468	568 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	RPN2	P32565	945 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NIP100	P33420	868 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ECM4	P36156	370 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	HXT5	P38695	592 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BIM1	P40013	344 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BUD27	P43573	796 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.88	□□□□□ -1.63	not detected
PRP28	YDR243C	BFA1	P47113	574 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	FAR11	P53917	953 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YNL108C	P53929	270 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CTF4	Q01454	927 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PLP1	Q04004	230 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PMT7	Q06644	662 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YDL073W	Q07454	984 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MET7	Q08645	548 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	BUD7	Q08754	746 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	MCM16	Q12262	181 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SWR1	Q05471	1514 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CAT8	P39113	1433 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ADH4	P10127	382 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	PET122	P10355	254 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	NAT1	P12945	854 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	SEN2	P16658	377 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	ACP1	P32463	125 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	TFC3	P34111	1160 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PRP28	YDR243C	YBL086C	P38177	466 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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