RNA–Protein interactions for RNA: YPR173C

VPS4, Transcript of AAA-ATPase involved in multivesicular body (MVB) protein sorting, yeast

Gene VPS4, Length 1,314 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS4	YPR173C	DOG1	P38774	246 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SHO1	P40073	367 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YIL169C	P40442	995 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	GEP7	P53171	287 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PCP1	P53259	346 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	DUG3	P53871	357 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YPL067C	Q02754	198 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SHH3	Q04487	196 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YMR254C	Q04838	102 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YML053C	Q04978	212 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	HRD1	Q08109	551 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YOL024W	Q08172	172 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	LDS2	Q08218	356 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YOR105W	Q08504	108 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SMT3	Q12306	101 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	TMA7	Q3E764	64 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	ATG40	Q99325	256 aa		5.08	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	FCY2	P17064	533 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YCR007C	P25354	239 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	HMX1	P32339	317 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SRP21	P32342	167 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	ELF1	P36053	145 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	UBS1	P38290	277 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	AME1	P38313	324 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CFD1	P40558	293 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	TRM9	P49957	279 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YIP5	P53108	310 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YGR050C	P53231	118 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YGR151C	P53287	111 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPL21A	Q02753	160 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YMR007W	Q03675	126 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	TRS23	Q03784	219 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PKR1	Q03880	122 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	LOA1	Q06508	300 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	ARR3	Q06598	404 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YFH1	Q07540	174 aa		5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	TPT1	Q12272	230 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPL21B	Q12672	160 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CDC39	P25655	2108 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	MSI1	P13712	422 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SAG1	P20840	650 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SOF1	P33750	489 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PMU1	P36069	295 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	AGE2	P40529	298 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	IZH1	Q03419	316 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YMR166C	Q03829	368 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RIM9	Q04734	239 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	TRI1	Q05024	226 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CNL1	Q06333	122 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SWT1	Q12104	458 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	USV1	Q12132	391 aa		5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	FAS1	P07149	2051 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	HTB1	P02293	131 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	HTB2	P02294	131 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPS16A	P0CX51	143 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPS16B	P0CX52	143 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YHR214C-D	P0CX93	97 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RNA15	P25299	296 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	UTR5	P32630	166 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PSD1	P39006	500 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YER134C	P40081	178 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YIL029C	P40538	142 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	REE1	P40893	198 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	RPA43	P46669	326 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	BOR1	P53838	576 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YDR366C	P87287	132 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CSI2	Q08054	341 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YOL118C	Q08259	102 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YDL157C	Q12082	118 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YOR192C-C	Q3E736	78 aa		5.05	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YLR415C	O13578	112 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PRE1	P22141	198 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	DER1	P38307	211 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SRP14	P38985	146 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YER079W	P40052	210 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PRE5	P40302	234 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	DFG10	P40526	253 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	XPT1	P47165	209 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	PGU1	P47180	361 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CPD1	P53314	239 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SUN4	P53616	420 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YNR064C	P53750	290 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	CGI121	Q03705	181 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	FIT3	Q08907	204 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YPS3	Q12303	508 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	MPD1	Q12404	318 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	BOL1	Q3E793	110 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	BLM10	P43583	2143 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	FAB1	P34756	2278 aa		5.04	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	SOD1	P00445	154 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	HMRA1	P0CY11	126 aa		5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	MIG1	P27705	504 aa		5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	IMP1	P28627	190 aa		5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	MCH2	P36032	473 aa		5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	AIM29	P36154	155 aa		5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	YHR138C	P38841	114 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
VPS4	YPR173C	UME6	P39001	836 aa		5.03	□□□□□ -1.6

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