RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	SWI5	P08153	709 aa		5.35	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	NTH2	P35172	780 aa		5.35	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	OPT2	Q06593	877 aa		5.35	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	RPS6A	P0CX37	236 aa	Known RBP	5.34	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	RPS6B	P0CX38	236 aa	Predicted RBP	5.34	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	UTP7	P40055	554 aa	Known RBP	5.34	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	5.34	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	GAS4	Q08271	471 aa		5.34	□□□□□ -1.55
CSE4	YKL049C	SUM1	P46676	1062 aa		5.33	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	NOB1	Q08444	459 aa	Known RBP	5.33	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	TCB1	Q12466	1186 aa		5.33	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	GLY1	P37303	387 aa	Known RBP	5.32	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	UBX7	P38349	436 aa		5.32	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	ROM1	P53046	1155 aa		5.32	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	UBP2	Q01476	1272 aa		5.32	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	YML083C	Q04526	418 aa		5.32	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	CYT1	P07143	309 aa		5.31	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	ALA1	P40825	983 aa	Known RBP	5.31	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	VTC4	P47075	721 aa		5.31	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	MSN5	P52918	1224 aa		5.31	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	SSN3	P39073	555 aa		5.3	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	SCW11	P53189	542 aa		5.3	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	VAN1	P23642	535 aa		5.29	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	AHP1	P38013	176 aa	Known RBP	5.29	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	YPQ2	Q06328	317 aa		5.29	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	TY1A-BL	Q12266	440 aa		5.29	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	5.28	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	MCM1	P11746	286 aa		5.28	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	UBP1	P25037	809 aa		5.28	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	DAL1	P32375	460 aa		5.28	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	JJJ2	P46997	583 aa		5.28	□□□□□ -1.56
CSE4	YKL049C	OSH7	P38755	437 aa		5.27	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	TY1A-DR3	Q12441	440 aa		5.27	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	CDC19	P00549	500 aa	Known RBP	5.26	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	SLA1	P32790	1244 aa		5.26	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	TRS33	Q99394	268 aa		5.26	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	NGR1	P32831	672 aa	Known RBP	5.25	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	CWH41	P53008	833 aa		5.25	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	RPL34A	P87262	121 aa	Predicted RBP	5.25	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	PUF6	Q04373	656 aa	Known RBP	5.25	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	IRE1	P32361	1115 aa		5.24	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	ACO2	P39533	789 aa		5.24	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	CAF120	P53836	1060 aa		5.24	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	TRK2	P28584	889 aa		5.23	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	SHM1	P37292	490 aa	Predicted RBP	5.23	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	ROG3	P43602	733 aa		5.23	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	UBP15	P50101	1230 aa		5.23	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	PUN1	Q06991	263 aa		5.23	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	SUV3	P32580	737 aa		5.22	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	GEF1	P37020	779 aa		5.22	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	YIR007W	P40566	764 aa		5.22	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	ALD4	P46367	519 aa	Known RBP	5.22	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	TY1A-MR1	Q04215	440 aa		5.22	□□□□□ -1.57
CSE4	YKL049C	MLF3	P32047	452 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	SCD5	P34758	872 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	YNL165W	P53891	406 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	NAM8	Q00539	523 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	CWC15	Q03772	175 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	Q0182	Q9ZZW1	134 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	RPS31	P05759	152 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	SRS2	P12954	1174 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	PDC6	P26263	563 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	HXT5	P38695	592 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	YTA6	P40328	754 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	FOX2	Q02207	900 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	PSH1	Q12161	406 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	TPS3	P38426	1054 aa	Known RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	CAB1	Q04430	367 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	UTP4	Q06679	776 aa	Known RBP	5.19	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	CCP1	P00431	361 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	PNP1	Q05788	311 aa		5.18	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	YBR197C	P38306	217 aa		5.17	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	LEU1	P07264	779 aa	Known RBP	5.16	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	ISC10	P32645	267 aa		5.16	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	CUZ1	P53899	274 aa		5.16	□□□□□ -1.58
CSE4	YKL049C	DIT1	P21623	536 aa		5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	CDC3	P32457	520 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	RRN6	P32786	894 aa		5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	ALD2	P47771	506 aa		5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	MTO1	P53070	669 aa		5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	YMR265C	Q03508	461 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	STB3	Q12427	513 aa		5.15	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	MRPL33	P20084	86 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	MRPL16	P38064	232 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	YGR035C	P53222	116 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	FUR4	P05316	633 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	RGP1	P16664	663 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	VMA3	P25515	160 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	CEM1	P39525	442 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	BOL3	P39724	118 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	QDR2	P40474	542 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	KAR5	Q04746	504 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	KAP122	P32767	1081 aa		5.12	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	KRE33	P53914	1056 aa	Known RBP	5.12	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	HPF1	Q05164	967 aa		5.12	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	RPP1A	P05318	106 aa	Predicted RBP	5.11	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	SPR3	P41901	512 aa		5.11	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	LYS5	P50113	272 aa		5.11	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	YDR461C-A	Q2V2P7	80 aa		5.11	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	LDH1	P38139	375 aa		5.1	□□□□□ -1.59

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