RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	PAU24	P38155	120 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ECM33	P38248	429 aa	Known RBP	2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	HER2	Q03557	464 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PDR10	P51533	1564 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ESS1	P22696	170 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YKL107W	P34251	309 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GPI18	P38211	433 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SPL2	P38839	148 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YEL020C	P39994	560 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	COA1	P40452	197 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YIL152W	P40455	235 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YIP5	P53108	310 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	LOA1	Q06508	300 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	JID1	Q12350	301 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FRE6	Q12473	712 aa		2.54	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	VAR1	P02381	398 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPL27B	P0C2H7	136 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YDR209C	Q03480	137 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YML096W	Q04489	525 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SYM1	Q06563	197 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TGS1	Q12052	315 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	WSC3	Q12215	556 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PHO2	P07269	559 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	BOL3	P39724	118 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	DUG3	P53871	357 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	HPA2	Q06592	156 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PML1	Q07930	204 aa	Predicted RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FCY1	Q12178	158 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SUL2	Q12325	893 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	BI3	Q9ZZW7	517 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PAU7	P39545	55 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ZIM17	P42844	174 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PAU5	P43575	122 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YGL185C	P53100	379 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SDS23	P53172	527 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YGR015C	P53208	328 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FMN1	Q03778	218 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	AEP3	Q12089	606 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RIP1	P08067	215 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PRE2	P30656	287 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	UTR2	P32623	467 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	GMH1	P36125	273 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TEM1	P38987	245 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ERJ5	P43613	295 aa	Predicted RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PET130	P47065	347 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TEN1	Q07921	160 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PCL2	P25693	308 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FAA1	P30624	700 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	UMP1	P38293	148 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YER134C	P40081	178 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	DYN2	Q02647	92 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	NIP7	Q08962	181 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YPR022C	Q12139	1133 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	COX17	Q12287	69 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YOR338W	Q99326	363 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	YOL162W	P0CF19	215 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	PRS4	P38063	326 aa	Predicted RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	RRT1	P38192	103 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	LDB7	P38210	180 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SHU1	P38751	150 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	BAT1	P38891	393 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MXR1	P40029	184 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ERG26	P53199	349 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	FRE8	Q12209	686 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	POX1	P13711	748 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SCO1	P23833	295 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ERG4	P25340	473 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MET22	P32179	357 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	MRPS9	P38120	278 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	DOT6	P40059	670 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	NSA2	P40078	261 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	TED1	P40533	473 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	UBC13	P52490	153 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	NIF3	P53081	288 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	OCA2	P53949	197 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	ATX2	Q12067	313 aa		2.53	□□□□□ -2
TOM1	YDR457W	SNT2	P53127	1403 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	STE2	D6VTK4	431 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU1	P0CE88	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU14	P0CE89	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU6	P0CE90	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU18	P0CE91	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU8	P0CE92	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU11	P0CE93	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	YSR3	P23501	404 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.53	□□□□□ -2.01	not detected
TOM1	YDR457W	PEX2	P32800	271 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU13	P38725	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	QDR2	P40474	542 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	SEC24	P40482	926 aa	Known RBP	2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	EMC4	P53073	190 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	TIM21	P53220	239 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU10	Q03050	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	YMR166C	Q03829	368 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	YPR109W	Q06104	294 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	PAU20	Q08322	120 aa		2.53	□□□□□ -2.01
TOM1	YDR457W	ERP3	Q12403	225 aa		2.53	□□□□□ -2.01

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