RNA–Protein interactions for RNA: YJR060W

CBF1, Transcript of Basic helix-loop-helix (bHLH) protein, yeast

Gene CBF1, Length 1,056 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CBF1	YJR060W	YCR102C	P25608	368 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	EMP70	P32802	667 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YBR139W	P38109	508 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YBR241C	P38142	488 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	UTP25	P40498	721 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	SWP82	P43554	623 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	MDV1	P47025	714 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	OCA1	P50946	238 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	SUR7	P54003	302 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YLR460C	P54007	376 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	APM1	Q00776	475 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	SWP1	Q02795	286 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	ACL4	Q03771	387 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	PEX12	Q04370	399 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	ARR1	Q06596	294 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	ASA1	Q06822	443 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	THP1	Q08231	455 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YOR376W	Q08900	122 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	BSC1	Q12140	328 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YDL199C	Q12407	687 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	RPN13	O13563	156 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	MF(ALPHA)1	P01149	165 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	DFR1	P07807	211 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.84	□□□□□ -1.63	not detected
CBF1	YJR060W	REC107	P21651	314 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	CMK2	P22517	447 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	CPR3	P25719	182 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	NAM9	P27929	486 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	NUF2	P33895	451 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	SWH1	P35845	1188 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	RIB1	P38066	345 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	BIG1	P38813	335 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	PTI1	P39927	425 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YEL020C	P39994	560 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	SER3	P40054	469 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	BUR6	P40096	142 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	MET28	P40573	187 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YGR201C	P42936	225 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	IKS1	P47042	667 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	TPC1	P53257	314 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	RIM13	Q03792	727 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	PLM2	Q04383	521 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	URC2	Q04411	772 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	ARO10	Q06408	635 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	RAX1	Q08760	435 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YPL191C	Q08930	360 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	PFK27	Q12471	397 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	PSF1	Q12488	208 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	MHF2	Q3E829	80 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	YOR032W-A	Q8TGS1	66 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CBF1	YJR060W	MEC1	P38111	2368 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RPL20A	P0CX23	172 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RPL20B	P0CX24	172 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	GPI12	P23797	304 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SOF1	P33750	489 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	HCS1	P34243	683 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	TUL1	P36096	758 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SKG1	P36169	355 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	VBA2	P38358	474 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	APE4	P38821	490 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	GPI8	P49018	411 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	TWF1	P53250	332 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	PDR16	P53860	351 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RSC9	Q03124	581 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	NUP53	Q03790	475 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	NAT4	Q04751	285 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SPO77	Q06134	477 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	GPI11	Q06636	219 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	WTM1	Q12363	437 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RPL7A	P05737	244 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	GPH1	P06738	902 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	YAP1	P19880	650 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	YIM1	P28625	365 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	DPH5	P32469	300 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	LHS1	P36016	881 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RIX1	P38883	763 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RCY1	P39531	840 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	CIN1	P40987	1014 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SNO3	P43544	222 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	CTK2	P46962	323 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	ILM1	P47155	203 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RSM28	Q03430	361 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	ERB1	Q04660	807 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	YLR446W	Q06204	433 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	FMP40	Q08968	688 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RPL7B	Q12213	244 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	PRP46	Q12417	451 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	YOL159C-A	Q3E769	90 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RPL24A	P04449	155 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	STE12	P13574	688 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	KSS1	P14681	368 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	ASF2	P32448	525 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	LHP1	P33399	275 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SNU114	P36048	1008 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	RBG1	P39729	369 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	ECM10	P39987	644 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	PKP1	P40530	394 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SGN1	P40561	250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.81	□□□□□ -1.64	not detected
CBF1	YJR060W	SNM1	P40993	198 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CBF1	YJR060W	SEH1	P53011	349 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64

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