RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	SSE1	P32589	693 aa	Known RBP	2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TOA1	P32773	286 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PDC2	P32896	925 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YER184C	P39961	794 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SEC28	P40509	296 aa	Known RBP	2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	THO2	P53552	1597 aa	Known RBP	2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PIN3	Q06449	215 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SHS1	Q07657	551 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	ATP16	Q12165	160 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	HIF1	Q12373	385 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RAX2	Q12465	1220 aa		2.21	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SPT6	P23615	1451 aa	Known RBP	2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SPP41	P38904	1435 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPL23A	P0CX41	137 aa	Known RBP	2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPL23B	P0CX42	137 aa	Known RBP	2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	UNG1	P12887	359 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PUT4	P15380	627 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	COS9	P36034	407 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YBL028C	P38202	106 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	WSS1	P38838	269 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	ATP22	P50273	684 aa	Predicted RBP	2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YLH47	Q06493	454 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YFH1	Q07540	174 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YOR376W	Q08900	122 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SRO7	Q12038	1033 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YDR061W	Q12298	539 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	LDB17	Q12342	491 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	HSL1	P34244	1518 aa		2.2	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TPI1	P00942	248 aa	Known RBP	2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPL6B	P05739	176 aa	Known RBP	2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	DTR1	P38125	572 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YBR241C	P38142	488 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SLX1	P38324	304 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	LYS12	P40495	371 aa	Known RBP	2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	BIO3	P50277	480 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	VEL1	P53058	206 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RET3	P53600	189 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RNH201	P53942	307 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPL6A	Q02326	176 aa	Known RBP	2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PEX27	Q08580	376 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YOR338W	Q99326	363 aa		2.19	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	REV3	P14284	1504 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPS19A	P07280	144 aa	Known RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RPS19B	P07281	144 aa	Predicted RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	DBR1	P24309	405 aa	Known RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PSO2	P30620	661 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	MSK1	P32048	576 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PUP2	P32379	260 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	EFB1	P32471	206 aa	Known RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YHR182W	P38870	785 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	JEM1	P40358	645 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YPR078C	Q06813	372 aa		2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TIR4	Q12218	487 aa	Predicted RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TFB5	Q3E7C1	72 aa	Predicted RBP	2.18	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SPT7	P35177	1332 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TRM732	Q03496	1420 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	EPT1	P22140	391 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	MIR1	P23641	311 aa	Known RBP	2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	MSP1	P28737	362 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	VAM7	P32912	316 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YKR015C	P36111	568 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SHE3	P38272	425 aa	Known RBP	2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	GDT1	P38301	280 aa	Predicted RBP	2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	ECM34	P38728	170 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SNL1	P40548	159 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YJR030C	P47101	745 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	CDH1	P53197	566 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YGR015C	P53208	328 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	HST1	P53685	503 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SLT2	Q00772	484 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	RMI1	Q02685	241 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	GAS2	Q06135	555 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	DET1	Q99288	334 aa	Known RBP	2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PAN1	P32521	1480 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	HIR3	P47171	1648 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	TY1B-DR4	Q07793	1604 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SMC4	Q12267	1418 aa		2.17	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	FAB1	P34756	2278 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SCH9	P11792	824 aa	Known RBP	2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PMT2	P31382	759 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SMP1	P38128	452 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SHE1	P38200	338 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YSW1	P38280	609 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	LCP5	P40079	357 aa	Predicted RBP	2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	AIM23	P47015	356 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YJR054W	P47114	497 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	MPS2	P53159	387 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	YGR067C	P53243	804 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	MRX11	Q03079	207 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	AIM33	Q04516	312 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	PRM7	Q12459	698 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	FSH3	Q99369	266 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	STU1	P38198	1513 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SWR1	Q05471	1514 aa		2.16	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	SSK2	P53599	1579 aa		2.15	□□□□□ -2.06
CSE4	YKL049C	STH1	P32597	1359 aa		2.15	□□□□□ -2.07
CSE4	YKL049C	RPS14A	P06367	137 aa	Known RBP	2.15	□□□□□ -2.07
CSE4	YKL049C	FAR1	P21268	830 aa		2.15	□□□□□ -2.07
CSE4	YKL049C	SPS19	P32573	292 aa	Known RBP	2.15	□□□□□ -2.07

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