RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	PDE2	P06776	526 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SSC1	P0CS90	654 aa	Known RBP	2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ALG1	P16661	449 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	CDC50	P25656	391 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SKT5	P34226	696 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ANR2	P36090	516 aa	Predicted RBP	2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	NSE1	Q07913	336 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	HTZ1	Q12692	134 aa	Known RBP	2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SMC6	Q12749	1114 aa		2.36	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SLM5	P25345	492 aa	Known RBP	2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PHO91	P27514	894 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	NRP1	P32770	719 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.35	□□□□□ -2.03	not detected
CSE4	YKL049C	RAD5	P32849	1169 aa	Predicted RBP	2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	QDR3	P38227	689 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	OM14	P38325	134 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YNL208W	P40159	199 aa	Known RBP	2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ATM1	P40416	690 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	BUD27	P43573	796 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.35	□□□□□ -2.03	not detected
CSE4	YKL049C	STE24	P47154	453 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ROG1	P53118	685 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	CIK1	Q01649	594 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YPR091C	Q06833	770 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	RNH203	Q12338	110 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YDL012C	Q12489	107 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	NAG1	Q8TGN9	163 aa		2.35	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	COX4	P04037	155 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	OPI3	P05375	206 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	TPK3	P05986	398 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	VMA8	P32610	256 aa	Known RBP	2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YER186C	P40101	306 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	TOS2	P50078	622 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MRPS16	Q02608	121 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SKI8	Q02793	397 aa	Predicted RBP	2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PRP3	Q03338	469 aa	Predicted RBP	2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	GYL1	Q04322	720 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YDL114W	Q07530	308 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	DNL4	Q08387	944 aa	Predicted RBP	2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YOP1	Q12402	180 aa		2.34	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PSK1	P31374	1356 aa		2.34	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	INO80	P53115	1489 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RPL12A	P0CX53	165 aa	Known RBP	2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RPL12B	P0CX54	165 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YSC83	P32792	385 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PXA2	P34230	853 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MCR1	P36060	302 aa	Known RBP	2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	GPX2	P38143	162 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PAC11	P40960	533 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YML6	P51998	286 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PMT5	P52867	743 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MKC7	P53379	596 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	TRM112	P53738	135 aa	Predicted RBP	2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	VHS1	Q03785	461 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ECM7	Q06200	448 aa		2.33	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ARF1	P11076	181 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	FUN26	P31381	517 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	DOA1	P36037	715 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ECM8	P38246	354 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	TIM17	P39515	158 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RRN9	P53437	365 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YDR541C	Q03049	344 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	URC2	Q04411	772 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	NDL1	Q06568	189 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ASA1	Q06822	443 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	SPE3	Q12074	293 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	FCY22	Q12119	530 aa		2.32	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PRB1	P09232	635 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ZRC1	P20107	442 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MRPS9	P38120	278 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	GPI18	P38211	433 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	GEP4	P38812	185 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PFS1	P38872	237 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	SEO1	P39709	593 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ALD5	P40047	520 aa	Known RBP	2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YPS5	P53057	165 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MEH1	Q02205	184 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YPQ1	Q12010	308 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RPN5	Q12250	445 aa	Known RBP	2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YDL199C	Q12407	687 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PCL9	Q12477	304 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YBL111C	Q3E7Y5	667 aa		2.31	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	DEP1	P31385	405 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	TOA2	P32774	122 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	TIR2	P33890	251 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	LCB2	P40970	561 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	AIP1	P46680	615 aa	Known RBP	2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	PGU1	P47180	361 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RTT102	P53330	157 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	AAD15	Q08361	143 aa		2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MEX67	Q99257	599 aa	Known RBP	2.3	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	CBP6	P07253	162 aa	Predicted RBP	2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RPL1A	P0CX43	217 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RPL1B	P0CX44	217 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	SPO23	P33757	523 aa		2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	MNL1	P38888	796 aa		2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	IGD1	P43598	195 aa		2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	YJL055W	P47044	245 aa		2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	KTR6	P54070	446 aa		2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	REX2	P54964	269 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	RNY1	Q02933	434 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
CSE4	YKL049C	ERO1	Q03103	563 aa		2.29	□□□□□ -2.04

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