RNA–Protein interactions for RNA: YMR309C

NIP1, Transcript of eIF3c subunit of the eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), yeast

Gene NIP1, Length 2,439 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NIP1	YMR309C	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	KTR5	P53966	522 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CCE1	Q03702	353 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SYF1	Q04048	859 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YET2	Q04210	160 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RTN1	Q04947	295 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SNU66	Q12420	587 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	NAG1	Q8TGN9	163 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RHB1	P25378	209 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YCL068C	P25593	260 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CDC50	P25656	391 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	DPH2	P32461	534 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	MMS4	P38257	691 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	OM14	P38325	134 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	WSC4	P38739	605 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SBE22	P38814	852 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	PFS1	P38872	237 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	BAT1	P38891	393 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	MET18	P40469	1032 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	IGD1	P43598	195 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YJR011C	P47086	261 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YPS5	P53057	165 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	MST27	P53176	234 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRP46	P53256	223 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CLD1	P53264	445 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	HST1	P53685	503 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	HOT1	Q03213	719 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RQC1	Q05468	723 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRP45	Q05636	305 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YLR345W	Q06137	509 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	VTA1	Q06263	330 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SMC5	Q08204	1093 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	DNL4	Q08387	944 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SKI7	Q08491	747 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YGK3	Q12222	375 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRD2	Q12461	358 aa		0.44	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ILV5	P06168	395 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CBP6	P07253	162 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RIP1	P08067	215 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RAD57	P25301	460 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SMY1	P32364	656 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	HXT3	P32466	567 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ZUO1	P32527	433 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRP1	P35178	278 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	EGT2	P42835	1041 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	PFS2	P42841	465 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	LCB3	P47013	409 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YGL138C	P53122	345 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	TPS1	Q00764	495 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YMR102C	Q03177	834 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	TAP42	Q04372	366 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SOR2	Q07786	357 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CMS1	Q07897	291 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RFM1	Q12192	310 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	VAM3	Q12241	283 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RTP1	Q12751	981 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ADH1	P00330	348 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	PIS1	P06197	220 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ASP3-2	P0CX77	362 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ASP3-3	P0CX78	362 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ASP3-4	P0CX79	362 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ASP3-1	P0CZ17	362 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ZRC1	P20107	442 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RPB5	P20434	215 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CLB3	P24870	427 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	CTR86	P25355	563 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	KRE2	P27809	442 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SEC66	P33754	206 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	APE3	P37302	537 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ECM8	P38246	354 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	DLD2	P46681	530 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ATP22	P50273	684 aa	Predicted RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	GPI15	P53961	229 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	TIM10	P87108	93 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	YMR010W	Q03687	405 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	PRM6	Q04705	352 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	COG4	Q06096	861 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	TPT1	Q12272	230 aa	Known RBP	0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RMD5	Q12508	421 aa		0.43	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	MET17	P06106	444 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RPS19A	P07280	144 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RPS19B	P07281	144 aa	Predicted RBP	0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	REC107	P21651	314 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SIN4	P32259	974 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SKN1	P33336	771 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRN10	P38204	145 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	PFF1	P38244	976 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	STP2	P38704	541 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RRP4	P38792	359 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	UTP9	P38882	575 aa	Known RBP	0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SMF1	P38925	575 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	ATG18	P43601	500 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	TAF12	Q03761	539 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	MDM36	Q06820	579 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	LOT6	Q07923	191 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	RAX1	Q08760	435 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	SRL2	Q12020	392 aa		0.42	□□□□□ -2.34
NIP1	YMR309C	NCA2	Q12374	616 aa		0.42	□□□□□ -2.34

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