RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	SUB1	P54000	292 aa	Known RBP	2.71	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	TAP42	Q04372	366 aa		2.71	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YAR066W	P0CX18	203 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YHR214W	P0CX19	203 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	REV1	P12689	985 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ATP10	P18496	279 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SPB1	P25582	841 aa	Predicted RBP	2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YCR100C	P25606	316 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SWH1	P35845	1188 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RRT5	P43607	289 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	IRC6	P43615	237 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YGR149W	P48236	432 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ART5	P53244	586 aa	Known RBP	2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SMA2	Q04658	369 aa		2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RQC1	Q05468	723 aa	Known RBP	2.7	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	MET17	P06106	444 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	HEM15	P16622	393 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	IDH2	P28241	369 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	GYP6	P32806	458 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	REC114	P32841	428 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NAT2	P37293	288 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	THI2	P38141	450 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SMF1	P38925	575 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NDE1	P40215	560 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ESL1	P40456	1118 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RMD9	P53140	646 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	PNG1	Q02890	363 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ODC1	Q03028	310 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YOR387C	Q08910	206 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	THP3	Q12049	470 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RRD2	Q12461	358 aa		2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RRP12	Q12754	1228 aa	Known RBP	2.69	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	CHS1	P08004	1131 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SPS4	P09937	338 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SPT15	P13393	240 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	CKA1	P15790	372 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ROX1	P25042	368 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	DEG1	P31115	442 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YBL059W	P34224	193 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YCR041W	P37265	110 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	OTU2	P38747	307 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NDT80	P38830	627 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YIL067C	P40514	678 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	VMA13	P41807	478 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	TFG2	P41896	400 aa	Predicted RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	TRS85	P46944	698 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	IBD2	P53892	351 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	GIR2	Q03768	265 aa	Predicted RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RRN11	Q04712	507 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	HEL2	Q05580	639 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	PBA1	Q05778	276 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	TSR2	Q06672	205 aa	Known RBP	2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YPL199C	Q08954	240 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	GRX6	Q12438	231 aa		2.68	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	HHF1	P02309	103 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NOP1	P15646	327 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NAM9	P27929	486 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RPN12	P32496	274 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SWE1	P32944	819 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	NIP100	P33420	868 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	PAD1	P33751	242 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.67	□□□□□ -1.98	not detected
CSE4	YKL049C	RFS1	P38234	210 aa	Known RBP	2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	VTC2	P43585	828 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	PCP1	P53259	346 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	DSL1	P53847	754 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	MRPL19	P53875	158 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	KTR5	P53966	522 aa	Predicted RBP	2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	MRP51	Q02950	344 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ESA1	Q08649	445 aa		2.67	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SAM1	P10659	382 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RPL3	P14126	387 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SAM2	P19358	384 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	PPH22	P23595	377 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YIM1	P28625	365 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YIP1	P53039	248 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	SHE10	P53075	577 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	GOR1	P53839	350 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ELP3	Q02908	557 aa	Known RBP	2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	TAF11	Q04226	346 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	MUM3	Q08750	479 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	ERV2	Q12284	196 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	RTN2	Q12443	393 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	YLR278C	Q05854	1341 aa		2.66	□□□□□ -1.98
CSE4	YKL049C	GPH1	P06738	902 aa	Known RBP	2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	RED1	P14291	827 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	CPR4	P25334	318 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HXT3	P32466	567 aa	Known RBP	2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	ECM25	P32525	599 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MIX23	P38162	196 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.65	□□□□□ -1.99	not detected
CSE4	YKL049C	CCT2	P39076	527 aa	Known RBP	2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	OST1	P41543	476 aa	Known RBP	2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YGR210C	P42942	411 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	SSN8	P47821	323 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	BTN2	P53286	410 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	YDR387C	Q04162	555 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	HSP31	Q04432	237 aa		2.65	□□□□□ -1.99
CSE4	YKL049C	COG4	Q06096	861 aa		2.65	□□□□□ -1.99

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