RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	TY1A-BR	Q12217	440 aa		12.31	□□□□□ -0.44
VAR1	Q0140	TY1A-NL2	Q12470	440 aa		12.31	□□□□□ -0.44
VAR1	Q0140	TY1A-GR2	Q12485	440 aa		12.31	□□□□□ -0.44
VAR1	Q0140	YDR444W	Q04093	687 aa		12.3	□□□□□ -0.44
VAR1	Q0140	SEC2	P17065	759 aa		12.29	□□□□□ -0.44
VAR1	Q0140	GCD11	P32481	527 aa	Known RBP	12.27	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	NPL4	P33755	580 aa		12.27	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	SET1	P38827	1080 aa	Known RBP	12.27	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	BDP1	P46678	594 aa		12.27	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	TFB4	Q12004	338 aa		12.27	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	YDR090C	Q03193	310 aa		12.26	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	CSC1	Q06538	782 aa		12.24	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	YDL176W	Q12027	708 aa		12.24	□□□□□ -0.45
VAR1	Q0140	HED1	Q03937	162 aa		12.19	□□□□□ -0.46
VAR1	Q0140	KIC1	P38692	1080 aa		12.18	□□□□□ -0.46
VAR1	Q0140	RRN7	P40992	514 aa		12.16	□□□□□ -0.46
VAR1	Q0140	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	12.16	□□□□□ -0.46
VAR1	Q0140	ASH1	P34233	588 aa		12.06	□□□□□ -0.48
VAR1	Q0140	MET32	Q12041	191 aa		12.04	□□□□□ -0.48
VAR1	Q0140	PAT1	P25644	796 aa	Known RBP	12.03	□□□□□ -0.48
VAR1	Q0140	ORC6	P38826	435 aa		12.01	□□□□□ -0.49
VAR1	Q0140	AFT1	P22149	690 aa		11.97	□□□□□ -0.49
VAR1	Q0140	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
VAR1	Q0140	MTC5	Q03897	1148 aa		11.96	□□□□□ -0.49
VAR1	Q0140	IFH1	P39520	1085 aa		11.94	□□□□□ -0.5
VAR1	Q0140	HST3	P53687	447 aa		11.94	□□□□□ -0.5
VAR1	Q0140	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
VAR1	Q0140	YJR115W	P47152	169 aa		11.85	□□□□□ -0.51
VAR1	Q0140	YPR109W	Q06104	294 aa		11.85	□□□□□ -0.51
VAR1	Q0140	ERF2	Q06551	359 aa		11.85	□□□□□ -0.51
VAR1	Q0140	MOD5	P07884	428 aa		11.84	□□□□□ -0.51
VAR1	Q0140	KEX2	P13134	814 aa		11.83	□□□□□ -0.52
VAR1	Q0140	PUS5	Q06244	254 aa		11.83	□□□□□ -0.52
VAR1	Q0140	PAC1	P39946	494 aa	Known RBP	11.82	□□□□□ -0.52
VAR1	Q0140	REF2	P42073	533 aa	Predicted RBP	11.81	□□□□□ -0.52
VAR1	Q0140	CAF120	P53836	1060 aa		11.8	□□□□□ -0.52
VAR1	Q0140	RGR1	P19263	1082 aa		11.76	□□□□□ -0.53
VAR1	Q0140	ACO2	P39533	789 aa		11.71	□□□□□ -0.53
VAR1	Q0140	TRK2	P28584	889 aa		11.67	□□□□□ -0.54
VAR1	Q0140	AGE1	Q04412	482 aa		11.66	□□□□□ -0.54
VAR1	Q0140	TUB4	P53378	473 aa		11.63	□□□□□ -0.55
VAR1	Q0140	COX6	P00427	148 aa		11.62	□□□□□ -0.55
VAR1	Q0140	MSB3	P48566	633 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
VAR1	Q0140	YGR035C	P53222	116 aa		11.59	□□□□□ -0.55
VAR1	Q0140	OPT2	Q06593	877 aa		11.59	□□□□□ -0.55
VAR1	Q0140	YPR148C	Q06523	435 aa		11.56	□□□□□ -0.56
VAR1	Q0140	MAK21	Q12176	1025 aa	Known RBP	11.56	□□□□□ -0.56
VAR1	Q0140	HPF1	Q05164	967 aa		11.5	□□□□□ -0.57
VAR1	Q0140	PTK2	P47116	818 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
VAR1	Q0140	YLR346C	Q06139	101 aa		11.48	□□□□□ -0.57
VAR1	Q0140	YIR007W	P40566	764 aa		11.47	□□□□□ -0.57
VAR1	Q0140	UGA3	P26370	528 aa		11.46	□□□□□ -0.57
VAR1	Q0140	SRF1	Q12516	437 aa		11.43	□□□□□ -0.58
VAR1	Q0140	SYH1	Q02875	849 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
VAR1	Q0140	GLY1	P37303	387 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
VAR1	Q0140	TPD3	P31383	635 aa		11.38	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	KXD1	P53158	218 aa		11.38	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	RTF1	P53064	558 aa		11.37	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	VPS70	P47161	811 aa		11.36	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	HXT10	P43581	546 aa		11.35	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	SCW11	P53189	542 aa		11.35	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	YNL115C	P53925	644 aa		11.34	□□□□□ -0.59
VAR1	Q0140	TYW1	Q08960	810 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	TY1A-BL	Q12266	440 aa		11.33	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	ICP55	P40051	511 aa		11.31	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	LSB3	P43603	459 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	NUP85	P46673	744 aa		11.31	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	MIP1	P15801	1254 aa		11.28	□□□□□ -0.6
VAR1	Q0140	PDC1	P06169	563 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
VAR1	Q0140	PSE1	P32337	1089 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
VAR1	Q0140	CLB5	P30283	435 aa		11.26	□□□□□ -0.61
VAR1	Q0140	YPR204W	Q08995	1032 aa		11.26	□□□□□ -0.61
VAR1	Q0140	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
VAR1	Q0140	KIP2	P28743	706 aa		11.19	□□□□□ -0.62
VAR1	Q0140	SIT4	P20604	311 aa		11.18	□□□□□ -0.62
VAR1	Q0140	MRT4	P33201	236 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
VAR1	Q0140	IXR1	P33417	597 aa		11.12	□□□□□ -0.63
VAR1	Q0140	NRD1	P53617	575 aa	Known RBP RIP-Chip data	11.09	□□□□□ -0.63	not detected
VAR1	Q0140	MDJ1	P35191	511 aa		11.08	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	UBP2	Q01476	1272 aa		11.08	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	PHM7	Q12252	991 aa		11.08	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	DPH6	Q12429	685 aa		11.08	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	LSC2	P53312	427 aa		11.07	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	RTT106	P40161	455 aa		11.06	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	ROG3	P43602	733 aa		11.04	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	NIS1	P53939	407 aa		11.04	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	ALR1	Q08269	859 aa		11.04	□□□□□ -0.64
VAR1	Q0140	AAD14	P42884	376 aa		11.02	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	RPA14	P50106	137 aa		11.01	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	ARG82	P07250	355 aa		11	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	SLY41	P22215	453 aa		11	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	TY1A-MR1	Q04215	440 aa		11	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	YPR097W	Q06839	1073 aa		11	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	YDL206W	Q12424	762 aa		11	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	YJR098C	P47139	656 aa		10.99	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	PBS2	P08018	668 aa		10.97	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	DLD1	P32891	587 aa		10.97	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	TEA1	P47988	759 aa		10.97	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	TCB1	Q12466	1186 aa		10.97	□□□□□ -0.65
VAR1	Q0140	CCP1	P00431	361 aa		10.96	□□□□□ -0.65

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